Simulação de dados de experimentos de mapping by sequencing

Avanços recentes nas tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) reduziram o tempo necessário para a identificação de mutações em genética forward, uma das principais formas para caracterização da função de genes em plantas. A metodologia utilizada para a identificação de mutações induzidas por agentes mutagênicos físicos ou químicos em uma população de mapeamento é conhecida como mapping-by-sequencing. Dentre as várias técnicas que utilizam esta metodologia, Next-generation mapping (NGM) ganha destaque por necessitar de um número pequeno de mutantes na população de mapeamento. Entretanto, nos trabalhos publicados, não fica claro o porquê da utilização dos parâmetros usados para formação da população de mapeamento (número de indivíduos, número de mutantes, forma de cruzamento) e para o sequenciamento (plataforma utilizada, método de sequenciamento, cobertura) nos experimentos. Por isso, desenvolveu-se um pipeline de bioinformática que possibilita a simulação de dados de experimentos que utilizam a técnica de NGM com a planta modelo Arabidopsis thaliana, uma das plantas mais estudas e sequenciadas na literatura.